1994年，學校確定“立足行業(yè)，面向社會”的辦學定位和“對內(nèi)求實，對外搞活”的工作思路，堅持從嚴治校，狠抓教學、科研、師資隊伍、學科、實驗室和基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)，學校的辦學水平、辦學條件和綜合實力穩(wěn)步提高。在名譽院長孫越崎和杰出校友吳京的大力倡導(dǎo)推動下，經(jīng)學校呈報煤炭工業(yè)部同意，國家教委于1995年4月批準恢復(fù)焦作工學院校名，標志學校由行業(yè)工科院校向通用工科院校的實質(zhì)性轉(zhuǎn)變。1995年，痕跡古生物、瓦斯地質(zhì)兩個學科建成河南省重點學科；1996年，煤田地質(zhì)與勘探學科建成煤炭部重點學科；1997年，煤田、油氣地質(zhì)與勘探，安全技術(shù)及工程，采礦工程三個學科建成河南省重點學科。1996年，在煤炭部組織的全國煤炭院校高等數(shù)學、大學物理、理論力學3門基礎(chǔ)課突擊抽查考試中，學校在13所本科院校中名列第二，受到煤炭部表揚；大學英語四級考試通過率連年高于全國非重點院校平均通過率近20個百分點；體育達標率連續(xù)十余年被評為河南省先進單位，1996年獲得全國高校先進單位稱號，反映出學校辦學水平和人才培養(yǎng)質(zhì)量在不斷提高。
　　科學研究面向煤炭工業(yè)和區(qū)域經(jīng)濟建設(shè)主戰(zhàn)場，科研項目級別逐年提升，項目數(shù)、經(jīng)費數(shù)和獲獎率每年以20%以上的速度遞增。
　　1998年，國務(wù)院決定將學校劃歸河南省管理，實行“中央與地方共建，以地方管理為主”的管理體制。
　　學校黨委緊緊抓住這一歷史機遇，果斷決策，提出以學科建設(shè)為龍頭，建設(shè)既服務(wù)于煤炭行業(yè)，又服務(wù)于地方經(jīng)濟發(fā)展的工科院校，進而向多科性大學邁進的奮斗目標。學校在繼續(xù)加強傳統(tǒng)優(yōu)勢學科和專業(yè)建設(shè)、保持特色和優(yōu)勢的同時，積極開拓新的學科和專業(yè)領(lǐng)域，努力擴大服務(wù)面向，進一步增強服務(wù)煤炭行業(yè)與地方經(jīng)濟社會發(fā)展的能力，為新世紀向更高目標奮進奠定了扎實的基礎(chǔ)。朱建安等承擔的《EBJ-160重型懸臂式掘進機的研制》成果分別獲1998年煤炭部科技進步一等獎、1999年國家科技進步二等獎。1999年，學?？蒲薪?jīng)費首次突破1000萬元。鄒友峰主持的《條帶開采的三維層狀介質(zhì)理論及其應(yīng)用研究》成果獲河南省科技進步一等獎。
　　進入21世紀，高等教育事業(yè)面臨新的重要戰(zhàn)略機遇期。學校敏銳抓住高等教育大發(fā)展的重要機遇，解放思想，開拓進取，各項事業(yè)實現(xiàn)跨越式發(fā)展。
　　2000年，學校黨委審時度勢，果斷作出征地建設(shè)新校區(qū)的重大決策。8月，完成一期征地1079畝，12月，一期工程開工建設(shè)，次年9月3600余名新生順利入住，成為河南高校第一個投入使用的新校區(qū)。之后，完成二期征地1878畝，學校主體搬遷至新校區(qū)。新校區(qū)建設(shè)的順利推進，為學校各項事業(yè)發(fā)展提供了廣闊空間。同年，采礦工程、礦產(chǎn)普查與勘探、控制理論與控制工程、安全技術(shù)及工程四個學科建成河南省重點學科，安全技術(shù)及工程學科被批準為河南省一類重點學科。
　　2001年，學校抓住河南省建立高等學校特聘教授崗位制度的機遇，率先引進全省第一位特聘教授、教育部長江學者；之后，中國工程院院士張鐵崗、傅恒志、陳清如、中國科學院院士郭柏靈先后加盟學校，受聘擔任教授，中國工程院院士王家耀、劉先林、周豐峻、趙振業(yè)，俄羅斯自然科學院外籍院士牛濟泰，美國工程科學院院士彭賜燈相繼受聘擔任兼職教授。一大批高層次、高水平人才的引進，為學校的發(fā)展注入了生機與活力。
　　2002年，河南省政府批準學校舉辦萬方科技學院，成為全省第一所按新機制和新模式舉辦的本科層次的獨立學院，并于當年首招學生423人。同年底，首屆采礦科學與安全技術(shù)國際學術(shù)會議成功召開，來自國內(nèi)外的150多名院士、專家、學者參加會議，標志學校的科研和學術(shù)水平取得新的進步。同年，彭立世承擔的《礦井瓦斯災(zāi)害綜合治理示范工程配套技術(shù)的研究》成果獲國家科技進步二等獎。