從1998年開始，為配合政府機構(gòu)改革和職能轉(zhuǎn)變，國家對國務院部門（單位）所屬學校集中進行了大規(guī)模的調(diào)整，確立了中央和省級政府兩級辦學，以地方統(tǒng)籌管理為主的新的高等教育管理體制。在這次高等教育管理體制改革中，學院的隸屬關(guān)系發(fā)生了深刻變化。1999年1月12日，國務院印發(fā)了《關(guān)于調(diào)整五個軍工總公司所屬學校管理體制的決定》 （國發(fā) 〔1999〕 3號），作出了對航空、航天、兵器、船舶、核工業(yè)五個軍工總公司所屬學校管理體制進行調(diào)整的決定。

1999年3月16日，《國務院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)教育部等部門關(guān)于調(diào)整五個軍工總公司所屬學校管理體制的實施意見的通知》（國辦發(fā)〔1999〕24號）公布，對調(diào)整方案、實施辦法、實施的組織和步驟作出了明確規(guī)定。1999年4月6日至9日，國防科工委會同教育部、國家計委、財政部組織召開了五個軍工總公司所屬學校管理體制調(diào)整工作會議。根據(jù)有關(guān)文件精神，五個軍工總公司向17個省市和國防科工委辦理了39所學校（25所高校、14所直屬中專）的交接手續(xù)。至此，長春光學精密機械學院的管理體制由以中國兵器工業(yè)總公司管理為主調(diào)整為吉林省與國防科工委共建，以吉林省管理為主。

在這次高等教育管理體制改革過程中，學院經(jīng)過多方努力，保持全國招生不變，國防科研項目渠道不變，7個專業(yè)被列為國家管理的國防特色專業(yè)，實現(xiàn)了管理體制改革的平穩(wěn)過渡。同時，面對高等教育管理體制改革所帶來的影響，學院領(lǐng)導班子審時度勢，不失時機地確立了“立足吉林、服務國防、尋求機遇、加快發(fā)展”的辦學思路，在人才培養(yǎng)、科學研究、服務社會等方面，增強了為吉林省和國防科技工業(yè)服務的能力與水平。

2000年8月，根據(jù)《吉林省人民政府辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)省教育廳等部門制定的關(guān)于調(diào)整省政府有關(guān)部門（單位）所屬學校管理體制的實施方案的通知》（吉政辦發(fā) 〔2000〕 85號），長春建筑材料工業(yè)學校并入學院。院長姜會林在干部大會上強調(diào)，長春建筑材料工業(yè)學校并入長春光學精密機械學院實行實質(zhì)性并入，同時對并入后的機構(gòu)設置，原長春建筑材料工業(yè)學校的人事、財務、后勤、國有資產(chǎn)管理及教職工的福利待遇等政策進行了說明。他要求，全體干部要充分認識合并是學院改革的重大舉措，有利于兩校的共同發(fā)展；要服從大局，政令統(tǒng)一，步調(diào)一致，順利實施并入的各項工作，共同建設好組合后的長春光學精密機械學院。

長春建筑材料工業(yè)學校的并入，使學院新增校園面積 17.59萬平方米、建筑面積4.99萬平方米、固定資產(chǎn) 3100萬元，新增在校生 2458人、教職工287人，擴大了辦學空間，增強了辦學實力。這是學院抓住高等教育擴招的歷史機遇，使辦學規(guī)模迅速擴大的重要舉措。

國家高等教育管理體制改革是歷史之勢、大勢所趨，學院積極響應國家號召，一方面認真貫徹落實黨和國家關(guān)于高等教育改革發(fā)展的一系列方針政策，服從管理體制調(diào)整；另一方面緊緊抓住國家實施科教興國戰(zhàn)略、國防科技工業(yè)戰(zhàn)略重組的歷史機遇，凝聚力量，扎實工作，走跨越式發(fā)展道路。雖劃歸吉林省政府管理，但自強不息的長理人立足軍工的辦學特色沒有變，科技報國的情懷沒有變，為國擔當?shù)某跣母鼪]有變。